โรงเรียนการเรือไทย ได้รับการรับรองระบบบริหารงานคุณภาพมาตรฐาน ISO 9001:2015 ขอบเขตการรับรอง Service of Education and Training for Seafarers in Accordance with the Law of Marine Department and Standards of International Maritime Organization โดย Global Group/UKAS และ ISCC/KMUTT Registration number : 22Q19390
สำนักคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน(สช.) กระทรวงศึกษาธิการได้มอบเกียรติบัตรให้กับโรงเรียนการเรือไทย ดังนี้
1. โรงเรียนเอกชนนอกระบบดีเด่น พ.ศ. 2549
2.โรงเรียนที่มีระบบการประกันคุณภาพภายในระดับดีเด่น พ.ศ. 2552
3.โรงเรียนที่มีระบบประกันคุณภาพในระดับดีมาก พ.ศ. 2555
อนึ่ง สำนักงานผู้แทนสหภาพยุโรป (EU) ได้มอบหมายให้ผู้เชี่ยวชาญจากหน่วยงาน EMSA (European Maritime Safety Agency) มาตรวจประเมินการปฏิบัติตามพันธกรณีของอนุสัญญา STCW 2010 โรงเรียนการเรือไทย
เมื่อวันที่ 16 - 17 ธันวาคม 2553 เพื่อรับรองประกาศนียบัตรคนประจำเรือตามที่ประเทศร้องขอ ซึ่งตามกฎข้อบังคับ EU กำหนดให้ประเทศสมาชิกสามารถว่าจ้างคนประจำเรือจากประเทศที่ไม่ได้เป็นสมาชิกได้ ก็ต่อเมื่อได้รับการตรวจสอบแล้วว่า ประเทศที่ผลิตคนประจำเรือนั้นได้ปฏิบัติตามพันธกรณีของอนุสัญญา STCW 2010 ในเรื่องการฝึกอบรมและการออกประกาศนียบัตรคนประจำเรืออย่างเคร่งครัด